1939 : Mobilisé le 26 août, il fait la « drôle de guerre » au 101^e régiment d'infanterie. Il y fait quelques dessins.

1940 : Le 10 mai, son régiment rencontre l'armée allemande devant Château-Thierry.

Il s'illustre pendant la bataille, ce qui lui vaudra la Croix de Guerre, médaille de bronze et palme.
Puis c'est la débâcle. Il est fait prisonnier sur la Loire et transporté au camp de Melun le 18 juin 1940. Envoyé au travail des moissons à Saint- Saulieu dans la Somme, il s'évade fin août. Il rentre à Paris puis passe en zone libre et se met à la disposition du Parti Communiste et de la Résistance.
Il prend contact avec Jean Lurçat et Marcel Gromaire qui s'étaient retirés à Aubusson. Sur certificat de travail et de domicile de Lurçat, il est démobilisé et devient son assistant pour la création des cartons de tapisserie.
À la suite d'une enquête de police de Vichy, ils se séparent pour raison de sécurité. Jusqu'à ce moment, il avait participé à la confection de journaux clandestins et à leur diffusion dans cinq départements du Centre de la France sous la direction de Bourdeau.
Il prend alors contact avec le peintre Menot à Crégols près de Saint-Cirq-Lapopie (Lot).
En juillet, il rencontre Aragon à Cahors.
Avec Menot, ils constituent deux groupes autonomes clandestins pour le « Front National de Lutte pour la Libération et l'Indépendance de la France », organisation de résistance créée par le Parti Communiste.
Il vit pendant un mois chez Raoul Dufy.
Il effectue une liaison à Montpellier auprès de Marcel Weil.

13 novembre 1941: Boris est arrêté à Crégols sur commission rogatoire de la Creuse, puis déféré devant la session de la 13^e région et condamné à deux ans de prison.

Motif « a effectué plusieurs dessins destinés à la propagande communiste ». Il est envoyé à la Maison Centrale de Riom dans le Puy de Dôme.
Il y reste 17 mois avec 32 autres prisonniers communistes et plus de 600 prisonniers de droit commun. Il n'a pu y faire que deux croquis.
L'administration pénitentiaire du régime de Vichy réalise que les détenus condamnés par des tribunaux militaires n'ont rien à faire dans une prison civile.

16 juillet 1942 : Sa mère est arrêtée au cours de la grande rafle à Paris.

Envoyée à Drancy, elle est transférée à Auschwitz, où elle est assassinée par les nazis.

23 juillet 1943 : Il est transféré à la prison militaire de Mauzac en Dordogne et écroué sous le matricule 4186.

Il y réalise plus d'une centaine de dessins qui lui sont confisqués à la sortie et dont il n'a jamais retrouvé la trace.

11 novembre 1943 : Bien qu'ayant terminé sa peine, il est transféré au camp de Saint Sulpice-la-Pointe (Tarn)...

... comme interné administratif sur ordre du préfet, en même temps que d'autres communistes de la prison de Mauzac. Il y reste 8 mois. Il y devient l'un des dirigeants du triangle de direction du Front National de Lutte pour la Libération et l'Indépendance de la France et l'un des responsables militaires de l'organisation clandestine du camp.
Il décore les murs des baraques du camp de grandes fresques peintes avec les pots de peinture à l'eau qui servaient à l'entretien des soubassements.
Cf."Les fresques de Saint-Sulpice"
Il y réalise également des dessins.

31 juillet 1944 : Les SS envahissent le camp et les prisonniers sont déportés au camp de Buchenwald.

Le voyage se fait dans des wagons à bestiaux aux portes scellées.

5 août 1944 : Boris Taslitzky arrive à Buchenwald. Il y restera 9 mois sous le matricule 69022.

Affecté au bloc 34 dans le grand camp, il devient l'un des responsables du triangle de direction du parti et, grâce à la protection de ses camarades, il peut réaliser plus de 200 dessins. Il se lie avec Julien Cain, Jorge Semprun, etc.

11 avril 1945 : Il participe à l'insurrection du camp et à sa libération.

Quelques jours plus tard il confie ses dessins à Christian Pineau, rapatrié avant lui, et lui demande de les remettre à Aragon.

2 mai 1945 : Rapatrié, il arrive à Paris.